18 juin 2014

Bases de données pour les biotopes et les biocénoses du verger forestier, la fruticée.

Qu'est-ce qu'un biotope?

Le biotope est un milieu vivant, un habitat, un écosystème à part entière. Ce milieu héberge un ensemble d'êtres vivants composant la biocénose: flore, faune, fonge et des populations de micro-organismes. Un biotope et les biocénoses qu'il accueille forment un écosystème caractéristique et dynamique.

carte forest change gain&loss, france 2013-données sattélite.
http://earthenginepartners.appspot.com/science-2013-global-forest

forest cover gain 2000-2002
De manière générale, tout système naturel laissé spontanément à lui-même, en l'absence de perturbations, retourne spontanément vers l'état de santé qu'est la forêt, à travers des processus régulateurs. En effet, la Nature est tout sauf stable. Elle se régénère en permanence, se transforme, évolue, dans un perpétuel continuum vers la forêt, elle-même un écosystème dynamique. La fruticée est un des exemples de biotope de transition vers une forêt pérenne de type chênaie ou hêtraie.
forest cover loss france 2000-2002

Les incendies, la pâturage, l'agriculture de grands champs, les tempêtes, la sécheresse et la coupe de bois sont des facteurs limitants pour la forêt.

En Permaculture, comprendre le fonctionnement dynamique et écologique du biotope de la fruticée permet de designer des vergers et des forêts nourricières proches de leur milieu naturel sauvage.



Il existe des organismes bio-indicateurs de chaque biotope,
notamment sur les caractéristiques physiques et chimiques du sol, de l'hygrométrie, de l'air, du climat. Des plantes discriminantes, des lichens, des mousses, des micro organismes, des bactéries.

Les plantes bio-indicatrices donnent les caractéristiques d'un microclimat sur un temps donné, généralement sur une période de 10 à 30 ans. Mais les cycles climatiques peuvent être plus courts, de quelques années seulement selon les variations extrêmes du réchauffement climatique. D'autres indiquent au contraire être le témoignage géologique de plusieurs centaines voir milliers d'années - la guimauve par exemple indique une salinité du sous sol du à une mer existante, même dans des sédiments archaïques.

La levée de dormance de plantes sont des exemples de modifications du biotope, de façon naturelle ou de façon anthropique ( sous l'action de l'homme); le chardon lève sa dormance 10 ans après en moyenne. Certaines graines dorment une centaines d'années dans le sol avant de pouvoir germer, comme les lotus. Ce sont les conditions favorables qui lèvent la dormance de ces plantes rudérales. Le travail de la terre, l'érosion, les modifications du ph, les variations de température, l'hygrométrie sont autant de facteurs naturels ou anthropiques qui lèvent la dormance des plantes.


De manière générale, tout système naturel laissé spontanément à lui-même, en l'absence de perturbations, retourne spontanément vers l'état de santé qu'est la forêt, à travers des processus régulateurs. En effet, la Nature est tout sauf stable. Elle se régénère en permanence, se transforme, évolue, dans un perpétuel continuum vers la forêt, elle-même un écosystème dynamique.


Les forêts fruitières, ou fruticées, sont des transitions floristiques proches des vergers. Ils sont extrêmement dynamiques, et représentent un foisonnement qui nous intéresse particulièrement pour la régénération de verger ou la création de forêt nourricière.
cerisier en fleurs au Japon.
Les ronces, les sureaux, les noisetiers, les aubépines, les prunelliers, les argousiers, les genévriers, sont souvent les premiers colonisateurs de ces espaces en voie d'évolution vers la forêt. Parmi les plantes bio indicatrices d'un état de retour vers la forêt, on trouve le lierre grimpant, le brachypode des bois, la ronce bleue, la bryone, la primevère officinale, l'anémone sylvestre, la violette sylvestre, la fougère aigle.


Le feu, les tempêtes, les sécheresse, les froids extrêmes, les éboulements de terrain, les coupes de bois forestières permettent parfois une seconde régénération de ces forêts. Les techniques de brûlis ont inspiré de nombreux peuples qui vivent de la forêt.

La plupart des fruticées évoluent ensuite vers des forêts denses comme les chênaie, les hêtraies, les érablières ou les sapinières en altitude.

Les conditions climatiques extrêmes comme les hautes altitudes, les vents violents, un enneigement quasi permanent, la salinité, la surexposition au rayonnement solaire, l'érosion, une inclinaisons abruptes comme des falaises ou l'enrochement archaïque du sol limitent l'évolution de la forêt.

Désert, sommets alpins, canyon, îlot corallien, arctique; ces biotopes de l'extrême restent parfois à l'état de landes, de garrigues, de buissons, quelques arbustes parsemés tortueux et rachitiques, de cocotiers etc. Ils ont une biodiversité limitée mais rare et exclusive, aux propriétés régénératives, voir de reviviscence, souvent exceptionnelles, comme les cactus.
L'arbre le plus jeune du monde est le Leucadendron argenteum; sa durée de vie n'excède pas 20-30 ans et se régénère exclusivement par le feu. Ils produit des feleurs de parfum abricot-vaille et des cônes comestibles; il s'adapte aux climats méditerranen. Ils se trouvent au Chili, dans une zone rocailleuse qui subie des incendies à répétition tous les 10 à 30 ans en moyenne.
Les arbres les plus vieux du monde, à l'apparence "morte", sont les pins de Mathusalem. Pinus longaeva, Pin Bristelcone ou Pin de Mathusalem, ont peut-être plusieurs milliers d'années; leur séquençage génétique est en cours d'étude.

L'oasis est une exception, car là où il y a de l'eau, il y a de la vie.

COMMENT RÉGÉNÉRER UN VERGER TRADITIONNEL EN FORET NOURRICIERE A voir ici>>>  http://permaforet.blogspot.fr/2013/05/food-forest.html

On peut tempérer le relevé en France par rapport aux conséquences de la grande tempête de 1999 qui déracina beaucoup de forêts et d'arbres.

En France, l'inventaire du patrimoine naturel est fait par l'INPN, la classification des milieux est l'étude CORINE Biotopes et Tela Botanica est une base de données botaniques. Il existe un Atlas de la flore de France. Plusieurs universités ont réalisé des bases de données phytosociologiques sigmatiste, relative à l'étude fine des associations des plantes, développé par Henri Brisse à l'université Cézanne de Montepellier et à Marseille SOPHY, et aussi à l'Université de Bordeaux. L'université de Neufchâtel en Suisse s'intéresse à la phytosociologie synusale intégrée, relative à l'étude en relief du paysage et des strates de la végétation. Philippe JULVE a développer une classification et une approche synusiale dans un programme de recherche CATMINAT.
carte phytosociologique du cnrs http://cybergeo.revues.org/docannexe/image/24688/img-3.jpg
Les écologues, les naturalistes et les botanistes étudient ces milieux.

biotope cultivé en friche d'un verger de pommier, cerisier, cerisier aigre et noyers.
base de données botanique: 
Tela Botanica, Plants for a future, INPN, Catalogue of Life.
Inventaire national du patrimoinde naturel : http://inpn.mnhn.fr/
Catalogue of life : http://www.catalogueoflife.org/
François Couplan, Gérard Ducerf...
centre régional de phytosociologie, Conservatoire botanique National de Bailleul http://www.cbnbl.org/ 
Flore des Alpes: www.florealpes.com
Flore du Massif Central: www.fauneflore-massifcentral.fr
Flore de Bourgogne: http://serres.u-bourgogne.fr/flore
blog info faune flore fonge http://www.first-nature.com/index.php
carte interactive Atlas de la flore de France: http://siflore.fcbn.fr/?cd_ref=&r=metro
carte phytogéographique de france: http://philippe.julve.pagesperso-orange.fr/carte.htm

BIOCENOSE

PHYTOSOCIOLOGIE
biotope du pommier sauvage d'Europe malus sylvestri
La biocénose floristique est l'étude des relations des plantes avec les espèces du milieu de référence.
Il existe un  ou plusieurs phytotypes pour chaque plante ou arbre selon leur milieu de référence.

Dans les bases de données phytosociologiques, les relevés sont réalisés à l'hectare par des botanistes, des écologues ou des amateurs d'associations nature dans plusieurs stations de France et sont cartographiées.

Le père de la phytosociologie en France est Emile Château.

Lichens, mousses, lycopodes, fougères, champignons sont des spécificités.

biotope sauvage de l'érable champêtre, du saule, du frêne, de l'érable sycomore, du noyer, du sureau noir
base de données phytosociologiques:



tableau complet des biotopes français CORINE biotopes/ nomenclature: http://vigienature.mnhn.fr/sites/vigienature.mnhn.fr/files/uploads/vf_corine_biotopes_complet.pdf
SOPHY
http://sophy.u-3mrs.fr/phytons/Bilanflo2bis.htm
http://sophy.univ-cezanne.fr/PSHTM/Flrl6tis.htm
base de données de phytosociologie sigmatique SOPHY plantes discriminantes et soci-écologiquement similairesSOPHY Phytotype
base de données de phytosociologie synusiale BASEVEG, classification CATMINAT - 16 milieux bioindicateurs en France, http://philippe.julve.pagesperso-orange.fr/catminat.htm
base de données phytosociologique allemande http://www.flora.naturkundemuseum-bw.de/verbreitungskarten_a.htm#a
base phytosociologique suisse:
base phytosociologique du canada:
plantes indicatrices des forêts canadiennes: https://books.google.fr/books?id=eElUh_Jvy1kC&pg=PT13&lpg=PT13&dq=plantes+co-occurentes&source=bl&ots=nn0SMiB6C3&sig=2QozkQ2WvqAs3n2zeKVkfqI1stU&hl=fr&sa=X&ei=pHe-VJ38CcOBU4mQg7gP&ved=0CDkQ6AEwBA#v=onepage&q=plantes%20co-occurentes&f=false
base de données sur les graminées: http://botarela.fr/Index.html
clé de détermination des graminées (extrait): http://floredunordest.free.fr/IMG/pdf/echantillon.pdf
clé de détermination des carex et laîches: http://floredunordest.free.fr/IMG/pdf/carex.pdf
http://floredunordest.free.fr/spip.php?article37
biologie végétale de dijon http://serres.u-bourgogne.fr/
plateforme phytosociologie: http://www.pearltrees.com/t/phytosociologie/id3011783
bases de phytosociologie: http://gepv.univ-lille1.fr/downloads/enseignements/M1-S7/M1-S7-Hautekeete_Phytosocio.pdf

Les Bryophytes, Les lycopodes et les fougères: 

base de données bryosociologique
/Base de Données Nomenclaturale des Bryophytes d’Europe BDNBE (mousses, lycopodes et fougères): bryophytes de france.org
clés de détermination des mousses de tourbières et des marais http://catzh64.fr/documents/technique/1284114219.pdf
https://sajf.ujf-grenoble.fr/sites/sajf/files/cle_de_terrain_pour_la_detemination_des_bryophytes.pdf
http://serres.u-bourgogne.fr/rubrique.php3?id_rubrique=34
base de données fougères: http://jlcheype.free.fr/images/Fougeres/
clé de détermination des fougères http://serres.u-bourgogne.fr/article.php3?id_article=447
clé de détermination ptéridophytes fougères et prêles http://floredunordest.free.fr/IMG/pdf/pteridophytes.pdf
clé de détermination des fougères simple http://www.attiredailes.be/pdf/botanique/bota_filicopsides.pdf
Société Américaine des Fougères http://amerfernsoc.org/sporexyy.html

MYCOSOCIOLOGIE

La biocénose fongique est l'étude des relations des champignons avec les espèces du milieu de référence, notamment avec les arbres.

base de données interactives mycologiques et mycosociologique
l'IMA, base de données mycologique internationale : http://www.ima-mycology.org/http://www.mycodb.fr/ et mycobank http://www.mycobank.org/
http://www.mycodb.fr/searchfam.php?id=lame
http://www.mycoquebec.org/
http://blog.mycology.cornell.edu/
http://www.flickr.com/photos/cornellfungi
http://terramorchellarum.com/
base de données mycologique: MycoFrance.fr , mycobank.org,  mycodb.frChampi.netChampi passionles champignons.frmycoquébec.org, guide des champignons.com,
référence de plusieurs basees de données mycologiques: http://mycology.cornell.edu/fcollect.html
base de données fongique (photo) http://jlcheype.free.fr/images/
base de données mycologique japonaise:
http://svrsh2.kahaku.go.jp/fungal/sjh.htm
http://fungi.sakura.ne.jp/
http://fungi.sakura.ne.jp/index/fr_ajiwai_kinoko.htm
base de données mycologique russe: http://www.vkm.ru/fungalDC.htm http://mycoweb.narod.ru/
magazine de mycologie Mycologia: http://www.mycologia.org/
http://www.leifgoodwin.co.uk/Fungi/FungiByGroup.html
champignons bio-indicateurs: http://www.smhv.net/champignon-bioindicateur.ws

Les lichens:

La lichénologie est l'étude des lichens, organisme symbiotique d'une algue et d'un champignon et ou de cyanobactérie. L'étude sur le caractère bioindicateurs de la qualité de l'air par les lichens est attribuée à Alexander Zahlbruckner et William Nylander.

base de donnés lichéniques:
http://fr.wikipedia.org/wiki/Alexander_Zahlbruckner
http://fr.wikipedia.org/wiki/William_Nylander
clés de détermination des lichens et leur caractère bio indicateur de la qualité de l'air: http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/ress/environnement/deter_lichen.html
http://www2.ac-lille.fr/myconord/afl.htm association française lichénique, académie de Lille.
base de données lichénique: http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/ress/environnement/deter_lichen.html
http://www.irishlichens.ie/lichen-crustose.html
http://www.konrad-hd.de/lichenes/
http://jlcheype.free.fr/images/Lichens/
toutes les infos dans l'article Permaforêt " Les  lichens, une symbiose atypique". http://permaforez.blogspot.fr/2014/03/les-lichens-une-symbiose-atypique-entre.html

ZOOCHORIE

La biocénose faunistique est l'étude des relations des animaux avec les espèces du milieu de référence.
La biocénose microfloristique est l'étude des relations des microrganismes du sol avec les espèces du milieu de référence.

base de données des micro-organismes du sol, des collamboles:
COLTRAIT
http://www.bdd-inee.cnrs.fr/spip.php?mot7
info http://fr.wikipedia.org/wiki/Collembola
microscopie des plantes consommées par les animaux.
http://books.google.fr/books?id=31vkHCLoUk8C&pg=PA123&lpg=PA123&dq=oxalate+de+calcium+rumex&source=bl&ots=ZYYE681mA4&sig=yf6cJRNO-HZ9-Jm7zMg5jXyGDEE&hl=fr&sa=X&ei=4KV5VMXTHIbraITLgYAH&ved=0CCgQ6AEwAQ#v=onepage&q=oxalate%20de%20calcium%20rumex&f=false
Zoocénologie dans le programme CATMINAT de Philippe Julve http://www.tela-botanica.org/page:liste_projets?id_projet=18&act=documents&id_repertoire=14169
base oiseaux baseoazo, base écologique et zoocénologique synusiale des communautés d'oiseaux en France et en Europe, Ph. Julve; 2012.
base mammifères basemam, Base zoosociologique des synusies de mammifères visibles en Europe, croisée avec les classes phytosociologiques, Ph. Julve; 2005.
base mollusques terrestres basemol, Base des mollusques continentaux, terrestres et dulcaquicoles, avec une liste des syntaxons, et une liste taxinomique de France, Ph. Julve; 2005.
base des reprtiles et amphibiens baseherp, Base zoosociologique des synusies d'amphibiens et de reptiles visibles en Europe, croisée avec les classes phytosociologiques, ph.Julve; 2005.
base des libellules baseodon, base croisées des synusies potentielles de libellules et des types de végétation dans lesquelles elles se nourrissent, Ph. Julve: 2009.
base des papillons et chenilles basepapi, Base zoosociologique des synusies de papillons de jour visibles en France, croisée avec les classes phytosociologiques, Ph. Julve; 2009.

ECOSYSTEME
BIOTOPE+BIOCENOSE=ECOSYSTEME

Quelle application en design permacole?
>>> en cours.
Comprendre le fonctionnement dynamique et écologique d'un biotope en permaculture permet de designer des cultures proches de leur milieu naturel sauvage, de densifier les associations, de régénérer un biotope, du sol à la canopée. Et surtout de travailler avec la Nature, dans la continuité des stratégies d'évolution des plantes, efficaces depuis plusieurs millions d'années.

Comment régénérer un verger en friche grâce à la phytosociologie?
http://permaforet.blogspot.fr/2013/05/food-forest.html
le verger du grand père que nous régénérons depuis 3 ans en verger sauvage pour observer l'implantation spontanée des espèces sauvages du biotope des arbres cultivées.
http://permaforet.blogspot.fr/2014/06/la-lecon-de-vie-des-vergers-en-friche.html Etude de cas d'un verger en friche où cohabitent noyers, pommier et cerisier.








mycorémédiation (paul stamets)


autres références
CORINE Biotope http://vigienature.mnhn.fr/sites/vigienature.mnhn.fr/files/uploads/vf_corine_biotopes_complet.pdf
SOPHY base de données phytosociologique
http://sophy.u-3mrs.fr/
INPN
http://inpn.mnhn.fr/accueil/index
Tela botanica, Pffaf (Plants for e future) sont des bases de données botaniques.
bases de données lichénique: http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/ress/environnement/lichen.html et clés de déterminartion http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/ress/environnement/deter_lichen.html
http://lamaisondalzaz.wordpress.com/tag/bio-indicateurs/
association de sauvegarde de la pomme du khazakstan Malus Sieverii http://www.originedelapomme.com/MalusSieversii.html
http://jardinet.unblog.fr/
http://www.teraganix.com/4th-Conference-book-p/6004.htm 4ème conférence de kyusei natural farming with effective micro organism - Europe 1995.
http://christophe.quintin.pagesperso-orange.fr/documents/BN18_Tout%20un%20monde_Quintin_v4.pdf microflore insectes d'un jardin en bourgogne
http://permaforet.blogspot.fr/2013/05/food-forest.html
http://www.ecosociosystemes.fr/sophy.html