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Qu'est-ce qu'un biotope?

Le biotope est un milieu vivant, un habitat, un écosystème à part entière. Ce milieu héberge un ensemble d'êtres vivants composant la biocénose: flore, faune, fonge et des populations de micro-organismes. Un biotope et les biocénoses qu'il accueille forment un écosystème caractéristique et dynamique.

carte forest change : http://earthenginepartners.appspot.com/science-2013-global-forest
carte earth winds : https://earth.nullschool.net/

carte forest change gain&loss, france 2013-données sattélite.
http://earthenginepartners.appspot.com/science-2013-global-forest

forest cover gain 2000-2002

De manière générale, tout système naturel laissé spontanément à lui-même, en l'absence de perturbations, retourne spontanément vers l'état de santé qu'est la forêt, à travers des processus régulateurs. En effet, la Nature est tout sauf stable. Elle se régénère en permanence, se transforme, évolue, dans un perpétuel continuum vers la forêt, elle-même un écosystème dynamique. La fruticée est un des exemples de biotope de transition vers une forêt pérenne de type chênaie ou hêtraie.

forest cover loss france 2000-2002

Les incendies, la pâturage, l'agriculture de grands champs, les tempêtes, la sécheresse et la coupe de bois sont des facteurs limitants pour la forêt.

En Permaculture, comprendre le fonctionnement dynamique et écologique du biotope de la fruticée permet de designer des vergers et des forêts nourricières proches de leur milieu naturel sauvage.

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Il existe des organismes bio-indicateurs de chaque biotope,

notamment sur les caractéristiques physiques et chimiques du sol, de l'hygrométrie, de l'air, du climat. Des plantes discriminantes, des lichens, des mousses, des micro organismes, des bactéries.

Les plantes bio-indicatrices donnent les caractéristiques d'un microclimat sur un temps donné, généralement sur une période de 10 à 30 ans. Mais les cycles climatiques peuvent être plus courts, de quelques années seulement selon les variations extrêmes du réchauffement climatique. D'autres indiquent au contraire être le témoignage géologique de plusieurs centaines voir milliers d'années - la guimauve par exemple indique une salinité du sous sol du à une mer existante, même dans des sédiments archaïques.

La levée de dormance de plantes sont des exemples de modifications du biotope, de façon naturelle ou de façon anthropique ( sous l'action de l'homme); le chardon lève sa dormance 10 ans après en moyenne. Certaines graines dorment une centaines d'années dans le sol avant de pouvoir germer, comme les lotus. Ce sont les conditions favorables qui lèvent la dormance de ces plantes rudérales. Le travail de la terre, l'érosion, les modifications du ph, les variations de température, l'hygrométrie sont autant de facteurs naturels ou anthropiques qui lèvent la dormance des plantes.

Les forêts fruitières, ou fruticées, sont des transitions floristiques proches des vergers. Ils sont extrêmement dynamiques, et représentent un foisonnement qui nous intéresse particulièrement pour la régénération de verger ou la création de forêt nourricière.

cerisier en fleurs au Japon.

Les ronces, les sureaux, les noisetiers, les aubépines, les prunelliers, les argousiers, les genévriers, sont souvent les premiers colonisateurs de ces espaces en voie d'évolution vers la forêt. Parmi les plantes bio indicatrices d'un état de retour vers la forêt, on trouve le lierre grimpant, le brachypode des bois, la ronce bleue, la bryone, la primevère officinale, l'anémone sylvestre, la violette sylvestre, la fougère aigle.

Le feu, les tempêtes, les sécheresse, les froids extrêmes, les éboulements de terrain, les coupes de bois forestières permettent parfois une seconde régénération de ces forêts. Les techniques de brûlis ont inspiré de nombreux peuples qui vivent de la forêt.

La plupart des fruticées évoluent ensuite vers des forêts denses comme les chênaie, les hêtraies, les érablières ou les sapinières en altitude.

Les conditions climatiques extrêmes comme les hautes altitudes, les vents violents, un enneigement quasi permanent, la salinité, la surexposition au rayonnement solaire, l'érosion, une inclinaisons abruptes comme des falaises ou l'enrochement archaïque du sol limitent l'évolution de la forêt.

Désert, sommets alpins, canyon, îlot corallien, arctique; ces biotopes de l'extrême restent parfois à l'état de landes, de garrigues, de buissons, quelques arbustes parsemés tortueux et rachitiques, de cocotiers etc. Ils ont une biodiversité limitée mais rare et exclusive, aux propriétés régénératives, voir de reviviscence, souvent exceptionnelles, comme les cactus.

L'arbre le plus jeune du monde est le Leucadendron argenteum; sa durée de vie n'excède pas 20-30 ans et se régénère exclusivement par le feu. Ils produit des feleurs de parfum abricot-vaille et des cônes comestibles; il s'adapte aux climats méditerranen. Ils se trouvent au Chili, dans une zone rocailleuse qui subie des incendies à répétition tous les 10 à 30 ans en moyenne.

Les arbres les plus vieux du monde, à l'apparence "morte", sont les pins de Mathusalem. Pinus longaeva, Pin Bristelcone ou Pin de Mathusalem, ont peut-être plusieurs milliers d'années; leur séquençage génétique est en cours d'étude.

L'oasis est une exception, car là où il y a de l'eau, il y a de la vie.

COMMENT RÉGÉNÉRER UN VERGER TRADITIONNEL EN FORET NOURRICIERE A voir ici>>> http://permaforet.blogspot.fr/2013/05/food-forest.html

On peut tempérer le relevé en France par rapport aux conséquences de la grande tempête de 1999 qui déracina beaucoup de forêts et d'arbres.

En France, l'inventaire du patrimoine naturel est fait par l'INPN, la classification des milieux est l'étude CORINE Biotopes et Tela Botanica est une base de données botaniques. Il existe un Atlas de la flore de France et un lexique taxonomique multilangues http://www.plantnames.unimelb.edu.au/
Plusieurs universités ont réalisé des bases de données phytosociologiques sigmatiste, relative à l'étude fine des associations des plantes, développé par Henri Brisse à l'université Cézanne de Montepellier et à Marseille SOPHY, et aussi à l'Université de Bordeaux. L'université de Neufchâtel en Suisse s'intéresse à la phytosociologie synusale intégrée, relative à l'étude en relief du paysage et des strates de la végétation. Philippe JULVE a développé une classification et une approche synusiale dans un programme de recherche personnel CATMINAT. La base de données est maintenant en ligne eVeg.
Et les unités phytosociologiques classées et illustrées sont très bien représentées sur ce site : https://www.preservons-la-nature.fr/flore/phytosociologie/

carte phytosociologique du cnrs http://cybergeo.revues.org/docannexe/image/24688/img-3.jpg

Les écologues, les naturalistes et les botanistes étudient ces milieux.

biotope cultivé en friche d'un verger de pommier, cerisier, cerisier aigre et noyers.

base de données botanique:
Tela Botanica, Plants for a future, INPN, Catalogue of Life.
Inventaire national du patrimoinde naturel : http://inpn.mnhn.fr/
Catalogue of life : http://www.catalogueoflife.org/

François Couplan,
Lexique plantes multilangues : http://www.plantnames.unimelb.edu.au/
Monographies et usages médicinales du Docteur Dominique Coqueret (89 Yonne) : http://www.medicaunaplanta.com
Centre régional de phytosociologie, Conservatoire botanique National de Bailleul http://www.cbnbl.org/

Flore des Alpes: www.florealpes.com
Flore du Massif Central: www.fauneflore-massifcentral.fr
Flore de Bourgogne: http://serres.u-bourgogne.fr/flore
blog info faune flore fonge http://www.first-nature.com/index.php
carte interactive Atlas de la flore de France: http://siflore.fcbn.fr/?cd_ref=&r=metro
carte phytogéographique de france: http://philippe.julve.pagesperso-orange.fr/carte.htm
http://domenicus.malleotus.free.fr/

carte d'observations phénologiques des cycles de vie par saison et par espèces (végétales et animales) http://www.obs-saisons.fr/resultats/au-fil-du-temps
cycle phénologique: http://www6.nancy.inra.fr/foret-bois-lerfob/Le-personnel/Fiches-profils/Scientifiques/LEBOURGEOIS-Francois/La-Phenologie
http://www.globe-swiss.ch/media-global/Attachements/Downloads/121/Download/GLOBE_Phenologie_web_F.pdf
Gérard Ducerf Les Encycolpédies des plantes bioindicatrices
Programme BioIndicateur I et II par l'ADEME: https://ecobiosoil.univ-rennes1.fr/ADEME-Bioindicateur/
composition des plantes (merci à JM) : http://www.swsbm.com/Constituents/Constituents.html

base de données phytothérapie, composition et valeur nutritionnelle (canada): http://webprod.hc-sc.gc.ca/nhpid-bdipsn/monosReq.do?lang=fra&monotype=single

base de données, atlas des systèmes racinaires des plantes https://images.wur.nl/digital/collection/coll13/

BIOCENOSE

PHYTOSOCIOLOGIE

biotope du pommier sauvage d'Europe malus sylvestri

biotope sauvage de l'érable champêtre,

du saule, du frêne, de l'érable sycomore,

du noyer, du sureau noir

La biocénose floristique est l'étude des relations des plantes avec les espèces du milieu de référence.

Il existe un ou plusieurs phytotypes pour chaque plante ou arbre selon leur milieu de référence.

Dans les bases de données phytosociologiques, les relevés sont réalisés à l'hectare par des botanistes, des écologues ou des amateurs d'associations nature dans plusieurs stations de France et sont cartographiées.

Le père de la phytosociologie en France est Emile Château.

Lichens, mousses, lycopodes, fougères, champignons sont des spécificités.

base de données phytosociologiques:

tableau complet des biotopes français CORINE biotopes/ nomenclature: http://vigienature.mnhn.fr/sites/vigienature.mnhn.fr/files/uploads/vf_corine_biotopes_complet.pdf
SOPHY
http://sophy.u-3mrs.fr/phytons/Bilanflo2bis.htm
http://sophy.univ-cezanne.fr/PSHTM/Flrl6tis.htm
base de données de phytosociologie sigmatique SOPHY plantes discriminantes et soci-écologiquement similaires, SOPHY Phytotype
base de données de phytosociologie synusiale BASEVEG, classification CATMINAT - 16 milieux bioindicateurs en France, http://philippe.julve.pagesperso-orange.fr/catminat.htm
base de données écosociologiques de Philippe Julve (phytosociologie synusiale et optimum écologique) http://eveg.fr/
base de données phytosociologique illustrée par unités phytosociologues https://www.preservons-la-nature.fr/flore/phytosociologie/
base de données phytosociologique allemande http://www.flora.naturkundemuseum-bw.de/verbreitungskarten_a.htm#a
base phytosociologique suisse:
base phytosociologique du canada:
plantes indicatrices des forêts canadiennes: https://books.google.fr/books?id=eElUh_Jvy1kC&pg=PT13&lpg=PT13&dq=plantes+co-occurentes&source=bl&ots=nn0SMiB6C3&sig=2QozkQ2WvqAs3n2zeKVkfqI1stU&hl=fr&sa=X&ei=pHe-VJ38CcOBU4mQg7gP&ved=0CDkQ6AEwBA#v=onepage&q=plantes%20co-occurentes&f=false
bases de données botanique, répartition géographique, reconnaissance de plantes en ligne + zoochorie (plante oiseaux papillons poissons) de finlande: http://www.luontoportti.com/suomi/fr/ et kasviatlas http://koivu.luomus.fi/kasviatlas/
Interface de détermination ADEME des bio-indicateurs du sol: https://ecobiosoil.univ-rennes1.fr/ADEME-Bioindicateur/dev.php
Indice de bio-inidcations de laflore, programme ADEME: https://ecobiosoil.univ-rennes1.fr/ADEME-Bioindicateur/flore.php
clé de détermination en ligne des poaées: lucid on line http://keyserver.lucidcentral.org/
base de données sur les graminées: http://botarela.fr/Index.html
clé de détermination des graminées (extrait): http://floredunordest.free.fr/IMG/pdf/echantillon.pdf
clé de détermination des carex et laîches: http://floredunordest.free.fr/IMG/pdf/carex.pdf
http://floredunordest.free.fr/spip.php?article37
biologie végétale de dijon http://serres.u-bourgogne.fr/

http://www.universalis.fr/encyclopedie/vegetal-phytosociologie/

http://www.ecosociosystemes.fr/phytosociologie.html

http://www.organicagcentre.ca/NewspaperArticles/na_fueling_soils_f.asp

http://www.organicagcentre.ca/NewspaperArticles/na_chantal_hamel_nb_f.asp

plateforme phytosociologie: http://www.pearltrees.com/t/phytosociologie/id3011783
bases de phytosociologie: http://gepv.univ-lille1.fr/downloads/enseignements/M1-S7/M1-S7-Hautekeete_Phytosocio.pdf
épigénétique, communication et neurobiologie végétale: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/804/
carte d'observations phénologiques des cycles de vie par saison et par espèces (végétales et animales) http://www.obs-saisons.fr/resultats/au-fil-du-temps
cycle phénologique: http://www6.nancy.inra.fr/foret-bois-lerfob/Le-personnel/Fiches-profils/Scientifiques/LEBOURGEOIS-Francois/La-Phenologie
programme phénologique base de données RENECOFOR http://www.leca.univ-savoie.fr/db/rncflr/resultats/index.php
observations phénologiques suisse http://www.phaeno.ethz.ch/globe/?lang=fr
http://www.globe-swiss.ch/media-global/Attachements/Downloads/121/Download/GLOBE_Phenologie_web_F.pdf
http://www.harcourt-normandie.fr/wp-content/uploads/2013/06/1.Intervention-de-M.-Legave-Larbre-et-la-tempe%CC%81rature.pdf
http://www.revuevitiarbohorti.ch/artikel/2013_02_f_345.pdf
http://www.developpement-durable.gouv.fr/Dates-de-floraison-d-arbres.html
observatoire des 4 saisons: phénologie par plantes http://www.obs-saisons.fr/participez/plantes-animaux/plantes
liste des plantes hyperaccumulatrices par Stevie Famulari (phytoremédiation) https://fr.wikipedia.org/wiki/Hyperaccumulateur

phénologie arbres fruitiers - observatoire des 4 saisons.
http://www.obs-saisons.fr/node/53

ressource: LerForb Laboratoire des ressources forestières bois - INRA

Les Bryophytes, Les lycopodes et les fougères:

base de données bryosociologique
/Base de Données Nomenclaturale des Bryophytes d’Europe BDNBE (mousses, lycopodes et fougères): bryophytes de france.org
clés de détermination des mousses de tourbières et des marais http://catzh64.fr/documents/technique/1284114219.pdf
https://sajf.ujf-grenoble.fr/sites/sajf/files/cle_de_terrain_pour_la_detemination_des_bryophytes.pdf
http://serres.u-bourgogne.fr/rubrique.php3?id_rubrique=34

base de données fougères: http://jlcheype.free.fr/images/Fougeres/
clé de détermination des fougères http://serres.u-bourgogne.fr/article.php3?id_article=447
clé de détermination ptéridophytes fougères et prêles http://floredunordest.free.fr/IMG/pdf/pteridophytes.pdf
clé de détermination des fougères simple http://www.attiredailes.be/pdf/botanique/bota_filicopsides.pdf
Société Américaine des Fougères http://amerfernsoc.org/sporexyy.html

MYCOSOCIOLOGIE

La biocénose fongique est l'étude des relations des champignons avec les espèces du milieu de référence, notamment avec les arbres.

base de données interactives mycologiques et mycosociologique

base de données, atlas des systèmes racinaires des plantes https://images.wur.nl/digital/collection/coll13/
l'IMA, base de données mycologique internationale : http://www.ima-mycology.org/http://www.mycodb.fr/ et mycobank http://www.mycobank.org/
http://www.mycodb.fr/searchfam.php?id=lame
http://www.mycoquebec.org/
http://blog.mycology.cornell.edu/
http://www.flickr.com/photos/cornellfungi
http://terramorchellarum.com/
base de données mycologique: MycoFrance.fr , mycobank.org, mycodb.fr, Champi.net, Champi passion, les champignons.fr, mycoquébec.org, guide des champignons.com,
référence de plusieurs basees de données mycologiques: http://mycology.cornell.edu/fcollect.html
base de données fongique (photo) http://jlcheype.free.fr/images/
info susr la permaculture tempérée liste de NFP: http://tcpermaculture.blogspot.fr/2011/05/plants-nitrogen-fixers.html
base de données mycologique japonaise:
http://svrsh2.kahaku.go.jp/fungal/sjh.htm
http://fungi.sakura.ne.jp/
http://fungi.sakura.ne.jp/index/fr_ajiwai_kinoko.htm
base de données mycologique russe: http://www.vkm.ru/fungalDC.htm http://mycoweb.narod.ru/
magazine de mycologie Mycologia: http://www.mycologia.org/
http://www.leifgoodwin.co.uk/Fungi/FungiByGroup.html
champignons bio-indicateurs: http://www.smhv.net/champignon-bioindicateur.ws
Base de données ADEME bio-indicateurs microbiologie des sols: https://ecobiosoil.univ-rennes1.fr/ADEME-Bioindicateur/microbio.php
Outil de biomasse moléculaire fongique: estimée par quantification de l’ergostérol extrait du sol. (Les biomasses moléculaires fongiques mesurées sont exprimés en µg d’ergostérol par g de sol sec. La mesure de l’humidité de l’échantillon à la pesée est indispensable. - Ergostérol libre : Marqueur reflétant la biomasse fongique en cours de dégradation. - Ergostérol lié : Marqueur reflétant la biomasse fongique viable. - Ergostérol : Marqueur du potentiel mycorhizogène du sol.) le programme BIO 2 constitue le premier référentiel sur cet indicateur. La base du laboratoire BioSol capitalise les données de cet indicateur notamment sur les sols haut-normands. https://ecobiosoil.univ-rennes1.fr/ADEME-Bioindicateur/download/fiches-outil/fiche_outil_15_biomasse_moleculaire_fongique.pdf
Biomasse moléculaire fongique estimée par quantification des ADN ribosomaux spécifiques des champignons.(Les biomasses moléculaires fongiques mesurées sont exprimées en µg d’ADN fongique par g de sol sec.) https://ecobiosoil.univ-rennes1.fr/ADEME-Bioindicateur/download/fiches-outil/fiche_outil_18_biomasse_moleculaire_fongique.pdf
http://www.mnhn.fr/fr/collections/ensembles-collections/ressources-biologiques/souches-fongiques
http://www.mnhn.fr/fr/collections/ensembles-collections/ressources-biologiques/microalgues-cyanobacteries
mycobase (taxonomie fongique): http://collections.mnhn.fr/wiki/Wiki.jsp?page=Schema_Mycobase

Les lichens:

La lichénologie est l'étude des lichens, organisme symbiotique d'une algue et d'un champignon et ou de cyanobactérie. L'étude sur le caractère bioindicateurs de la qualité de l'air par les lichens est attribuée à Alexander Zahlbruckner et William Nylander.

base de donnés lichéniques:
http://fr.wikipedia.org/wiki/Alexander_Zahlbruckner
http://fr.wikipedia.org/wiki/William_Nylander

clés de détermination des lichens et leur caractère bio indicateur de la qualité de l'air: http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/ress/environnement/deter_lichen.html
http://www2.ac-lille.fr/myconord/afl.htm association française lichénique, académie de Lille.
base de données lichénique: http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/ress/environnement/deter_lichen.html
http://www.irishlichens.ie/lichen-crustose.html
http://www.konrad-hd.de/lichenes/
http://jlcheype.free.fr/images/Lichens/
toutes les infos dans l'article Permaforêt " Les lichens, une symbiose atypique". http://permaforez.blogspot.fr/2014/03/les-lichens-une-symbiose-atypique-entre.html
base de données lichens maritimes http://www.lichensmaritimes.org/index.php?task=lichens

lichens bio indicateurs de la qualité de l'air source internet

ZOOCHORIE

La biocénose faunistique est l'étude des relations des animaux avec les espèces du milieu de référence.
La biocénose microfloristique est l'étude des relations des microrganismes du sol avec les espèces du milieu de référence.

base de données des micro-organismes du sol, des collamboles:
COLTRAIT
http://www.bdd-inee.cnrs.fr/spip.php?mot7
info http://fr.wikipedia.org/wiki/Collembola
GISSOL cartes de la vie des sols en france INRA https://www.gissol.fr/donnees/cartes
microscopie des plantes consommées par les animaux.
http://books.google.fr/books?id=31vkHCLoUk8C&pg=PA123&lpg=PA123&dq=oxalate+de+calcium+rumex&source=bl&ots=ZYYE681mA4&sig=yf6cJRNO-HZ9-Jm7zMg5jXyGDEE&hl=fr&sa=X&ei=4KV5VMXTHIbraITLgYAH&ved=0CCgQ6AEwAQ#v=onepage&q=oxalate%20de%20calcium%20rumex&f=false
Zoocénologie dans le programme CATMINAT de Philippe Julve http://www.tela-botanica.org/page:liste_projets?id_projet=18&act=documents&id_repertoire=14169
base oiseaux baseoazo, base écologique et zoocénologique synusiale des communautés d'oiseaux en France et en Europe, Ph. Julve; 2012.
écologie des insectes forestiers: http://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89cologie_des_insectes_forestiers
les "qui se nourrit de...." dictionnaire dandenault http://www.dddllf.com/index.php?mot_recherche=&tableau=alimentation_04_nourrir
publications Hyménoptères, fourmis, abeilles etc: http://uieis.univ-tours.fr/actualites/actualites.html
myrmécochorie: http://myrmecochorie.free.fr/
fourmis : http://antsmania.com
http://www.oiseaux.net/
identification nids d'oiseaux en ville: http://www.ornithomedia.com/pratique/identification/identifier-nids-oeufs-oiseaux-villes-jardins-00703.html
base mammifères basemam, Base zoosociologique des synusies de mammifères visibles en Europe, croisée avec les classes phytosociologiques, Ph. Julve; 2005.
base mollusques terrestres basemol, Base des mollusques continentaux, terrestres et dulcaquicoles, avec une liste des syntaxons, et une liste taxinomique de France, Ph. Julve; 2005.
base des reprtiles et amphibiens baseherp, Base zoosociologique des synusies d'amphibiens et de reptiles visibles en Europe, croisée avec les classes phytosociologiques, ph.Julve; 2005.
base des libellules baseodon, base croisées des synusies potentielles de libellules et des types de végétation dans lesquelles elles se nourrissent, Ph. Julve: 2009.
base des papillons et chenilles basepapi, Base zoosociologique des synusies de papillons de jour visibles en France, croisée avec les classes phytosociologiques, Ph. Julve; 2009.
Base de données ADEME bio-indicateurs faune: https://ecobiosoil.univ-rennes1.fr/ADEME-Bioindicateur/faune.php
Base de données ADEME bio-indicateurs microbiologie des sols: https://ecobiosoil.univ-rennes1.fr/ADEME-Bioindicateur/microbio.php

FAUNE AQUATIQUE
indice biotique et faune bio-indicatrice de la qualité de l'eau: https://lamaisondalzaz.wordpress.com/tag/indice-biotique/
le guide écologique illustrée de Bernard Fischesser

https://lamaisondalzaz.wordpress.com/tag/indice-biotique/

ECOSYSTEME

BIOTOPE+BIOCENOSE=ECOSYSTEME

Quelle application en design permacole?
>>> en cours.

Comprendre le fonctionnement dynamique et écologique d'un biotope en permaculture permet de designer des cultures proches de leur milieu naturel sauvage, de densifier les associations, de régénérer un biotope, du sol à la canopée. Et surtout de travailler avec la Nature, dans la continuité des stratégies d'évolution des plantes, efficaces depuis plusieurs millions d'années.

Comment régénérer un verger en friche grâce à la phytosociologie?
http://permaforet.blogspot.fr/2013/05/food-forest.html
le verger du grand père que nous régénérons depuis 3 ans en verger sauvage pour observer l'implantation spontanée des espèces sauvages du biotope des arbres cultivées.
http://permaforet.blogspot.fr/2014/06/la-lecon-de-vie-des-vergers-en-friche.html Etude de cas d'un verger en friche où cohabitent noyers, pommier et cerisier.